隋大业年间，洛阳城外二十里处有一座废弃多年的古寺，名叫“法源寺”。寺庙建在一座山坳中，四周竹林环绕，早年曾是香火极盛的道场，后来不知何故被一场大火烧了大半，寺中僧人四散，只剩了满院焦黑的断壁残垣和半埋在土中的石阶。如今寺中只住着一个穷困潦倒的书生，姓沈名玉书，字怀远，年二十六岁，原籍河南巩县。沈玉书少时家道尚可，父亲沈文远做过一任县学教谕，后因年迈致仕，回乡后没几年便病故了。沈玉书十六岁中秀才，此后连考两场乡试皆名落孙山。家产典卖殆尽后，他变卖了巩县老宅，南下洛阳投奔一位在府衙做书吏的远亲，到了之后才知远亲已调任他处。盘缠用尽后，他流落洛阳城外，在一处山坳中找到了这座废弃已久的法源寺，在寺中一间尚存屋顶的偏殿里住了下来，靠着替人抄书、写信换些米粮度日。
这年初秋，一场暴雨连下了三日。沈玉书在偏殿中闲坐无事，忽然想起殿后那座被烧毁的藏经阁废墟下压着不少旧物，或许能翻出些能用的东西来。他冒着小雨走到废墟前，搬开了几块焦黑的梁柱残骸，在下面找到了一只被烧得变了形的铁函。铁函的盖子已经锈死了，他费了好大劲才撬开，里面是一团被泥水浸透的旧纸，纸页已经烂得不成样子了，但纸团中裹着一样东西，被他小心地剥出来——是一方砚台。砚台比寻常的砚大了一圈，通体乌黑，触手冰凉，砚池中积了一层干涸的墨垢，结成硬壳，像一块黑色的疤。砚台的侧面刻着几个小字，已经模糊不清了，他擦干净泥水后勉强辨认出“大业元年·慧明”几个字。慧明，那是法源寺从前一位僧人的法号。沈玉书将砚台洗净，放在偏殿的窗台上晾干，心里盘算着这东西虽然旧了些，但石质细腻，稍稍打磨一下还能用。
当夜他睡到三更时，忽然被一阵极轻的沙沙声吵醒了。那声音像是有人的手指在空砚池中轻轻画圈，纸张摩擦着石面，不疾不徐。沈玉书睁开眼，月光从窗纸中透进来，照在他放在桌上的那方砚台上。砚池中不知何时泛起了一层薄薄的水光，像是有人往里面倒了清水。水面上浮着一层极浅的墨色，那墨色缓缓地流动着，像是在自行书写着什么。沈玉书起身凑近了看，水面上果然浮现出了几行字——是极工整的小楷，墨色虽然淡，却清晰可辨。那些字像是从砚台的石质中渗出来的，一笔一划地在水面上成形，然后停留了片刻，又缓缓化开，散成一片模糊的墨晕。沈玉书拼命去记那些字，总算认出了最完整的一段：“……贫道慧明，以残砚录此，若后世有缘得见，请将此砚送至洛阳城外李家村李善人家中。慧明三十年前所藏之物，悉在其家后院老井之东三尺处。此物关乎一桩沉冤，贫道无能为力，唯愿后来者代为了结。”那行字在水面上停留了最久，直到墨色彻底淡去，水面恢复清澈，砚池中不知何时已经干了。
沈玉书坐在桌前，盯着那方已经干涸的砚台，心跳如擂鼓。慧明和尚，法源寺的旧僧，三十年前藏了什么在李善人家后院的老井旁？他连夜翻查了自己能找到的关于法源寺的旧志和洛阳府志，果然找到了“慧明”的记载——大业元年，法源寺住持慧明因寺中失火，引咎自焚，寺中僧人四散。但沈玉书在另一本更早的笔记中看到了另一种说法：那场火起得蹊跷，慧明和尚是被人灭口后焚尸灭迹的，真正的纵火者另有其人，而慧明生前正在追查一桩涉及洛阳城中某位权贵的旧案。沈玉书将那方砚台包好，藏在书箱底层，第二日一早便去了洛阳城外的李家村。李善人早已去世多年，但他的宅院还在，如今住着他的孙子李茂才。沈玉书以“替亡友寻旧物”为由，借宿在李茂才家中。入夜后他悄悄去了后院，找到了那口老井。老井已经干涸多年了，井口用石板封着。他撬开石板，顺着绳索缒下去，在井底东侧三尺处的土中挖出了一只铁匣。铁匣中是一卷发黄的文书和几封信札，文书上记载着一桩发生在隋文帝年间的旧案——洛阳富商周文远被诬私通叛军，全家抄斩。真正的告密者为了霸占周家的产业，伪造了证据，而慧明当年正是周文远家的旧仆，后来出家为僧，在法源寺中藏下了这批文书，等待日后有缘人将它们取出，替周家翻案。沈玉书将那卷文书带回了法源寺，在灯下细读了整整一夜。文书中的证据链完整而清晰，足以推翻当年的判决。他将文书整理成一份状纸，送到了洛阳府衙。洛阳知府接状后重新调阅了旧档，又传讯了当年与周家旧案有关的几个当事人——有的已经死了，但他们的后人在铁证面前无可抵赖。周家的冤案在沉了三十年后终于昭雪，虽然人已无法复生，但清白归了原位，被抄没的产业也发还给了周家仅存的一支远亲。
案子了结的那天夜里，沈玉书回到法源寺中，将那方砚台重新放回了藏经阁的废墟之下。他蹲在瓦砾堆旁，对着那方重新被泥土掩埋的砚台低声说了一句：“慧明师父，你的东西送到了。安心吧。”话音刚落，他身后那棵半枯的老槐树上忽然落下几片叶子，不偏不倚地落在他的肩头和砚台上，像是有人从高处轻轻撒了一把。沈玉书抬头看了看那棵老槐树，月光照着它光秃秃的枝桠，什么也没有。他笑了笑，转身走回了偏殿。那一夜他睡得很沉，连梦都没有做一个。
此后沈玉书依然住在法源寺中，替人抄书、写信。但他从那以后多了一个习惯——每逢雨后，他都会去藏经阁的废墟中翻一翻，看看还能不能找到什么旧物。后来他确实又找到了几块残碑和半截断笔，却没有再遇到像那方砚台一样能“自己写字”的东西。他知道，那方砚台中的墨，是慧明和尚临终前用尽最后一丝心力写下的。那些字被留在了砚台的墨垢中，只等着一个愿意在深夜中看到它、记下它、替它跑一趟的人。
沈玉书后来活到七十余岁，一直住在法源寺的偏殿中，没有再离开过。寺中的废墟被他一点点地清理了出来，他在原址上盖了几间简朴的僧房，又种了一片竹林。有人问他为什么不回城里住，他说：“这寺里还有没写完的字，我得守着。”旁人不解，他也不多解释。他死后，弟子们将他葬在了藏经阁遗址旁的那棵老槐树下，坟头正对着那片竹林。每年春天，竹笋从地下冒出来，总有一两株长得格外笔直，像是有人在土中扶着它们往上长。风吹过竹叶时，沙沙的声响中偶尔夹杂着一两声极轻极脆的细响，像是指甲划过砚池的声音，又像是有人在很远的地方，用一支旧笔在纸上慢慢地写字。
那方砚台后来再也没有被人从废墟中挖出来过。它和慧明和尚的墨迹、周家的冤屈、沈玉书的一生，一同沉入了法源寺的土壤中，化成了竹根下的泥土、槐树上的新叶、以及夜半时分偶尔从废墟方向传来的那一两声清响。那响动轻得像风，短得像梦，却总能让路过的人在那一刻停下脚步，侧耳听上一会儿，然后若有所思地继续赶路。没有人说得清那声音是什么，但每一个听见它的人，都会觉得心里某个尘封已久的角落被轻轻拂了一下，像是有一句话还没说完，正等着谁去替它续上最后一个字。
正是：
残砚犹存未绝书，半行淡墨照幽居。
莫道前朝无信史，总有人间替笔录。